VRAI OU FAKE Existe-t-il vraiment des cas de réinfection au coronavirus ?

Un officier de police effectue un test PCR au coronavirus à l\'aide d\'un écouvillon inséré dans son nez à l\'aéroport international de Bordeaux-Mérignac (Gironde) le 23 juillet 2020.
Un officier de police effectue un test PCR au coronavirus à l'aide d'un écouvillon inséré dans son nez à l'aéroport international de Bordeaux-Mérignac (Gironde) le 23 juillet 2020. (PHILIPPE LOPEZ / AFP)

Depuis le début de l'épidémie de Covid-19, plusieurs cas apparents de réinfection chez des patients considérés comme guéris ont suscité l'inquiétude. Mais de nombreuses hypothèses peuvent expliquer ce phénomène. En l'état de la science, rien ne prouve en tout cas qu'il s'agit bien de réinfections avérées.

L'épidémie de coronavirus ne s'arrêtera-t-elle jamais ? Alors que des laboratoires s'activent dans la recherche d'un vaccin, une question reste aujourd'hui sans réponse : est-il possible, oui ou non, d'être infecté de nouveau au coronavirus ? Depuis le début de l'épidémie, plusieurs cas apparents de réinfection ont suscité l'inquiétude, avant d'être nuancés. En Chine, dans la province de Guangdong, 14% des patients infectés officiellement sortis d'affaire avaient été jugés de nouveau positifs en février après un test virologique. En Corée du Sud, le même test effectué auprès de plus de 260 personnes* s'était révélé de nouveau positif* quelques jours plus tard.

Une situation vécue par d'autres patients sur la planète qui se pensaient guéris, rapportent le New York Times* et l'agence Reuters*. Mais à aucun moment, ces apparentes réinfections n'ont été authentifiées scientifiquement. Car des éléments ont pu être fournis, à plusieurs reprises pour expliquer les résultats a priori contradictoires des tests virologiques (PCR). Tout d'abord, certains patients ont pu obtenir un résultat faussement négatif (un "faux négatif") après un prélèvement nasal. "Il y a deux chosesD'une part, si la charge virale dans le nez est très très faible, le résultat peut être négatif", remarque la virologue Anne Goffard, interrogée par franceinfo.

Des tests qui ne sont pas infaillibles

D'autre part, pour les personnes qui subissent "des formes sévères avec atteinte pulmonaire", le virus présent dans le nez "descend dans les voies respiratoires et les poumons" après "3 à 5 jours", explique encore l'universitaire lilloise. "Il n'y en aura plus dans le nez et si le test est effectué par prélèvement nasal, le résultat sera alors négatif." C'est le problème auquel a dû faire face un patient de la ville de Chengdu (Chine), réadmis à l'hôpital dix jours après en être sorti, après la découverte du virus dans ses voies respiratoires, rapporte par exemple l'agence Reuters*.

Les faux négatifs sont d'ailleurs loin d'être anecdotiques, rappelle l'épidémiologiste Antoine Flahault, qui dirige l'Institut de santé globale de l'université de Genève. Selon des travaux* effectués à l'université Johns-Hopkins (Etats-Unis), le taux de faux négatifs aux tests virologiques serait de 38% le jour de l'apparition des symptômes, et de 20% trois jours plus tard. Quant aux faux positifs, notamment lors des premiers tests, "on sait qu'il y en a très peu, de l'ordre de 1%". "Pour que le test virologique soit positif, expose Antoine Flahault, il faut de l'acide ribonucléique [ARN] viral détectable."

Mais ça ne veut pas dire que l'on a du virus vivant détectable !Antoine Flahaultà franceinfo

Il est en effet possible d'excréter "de l'ARN viral mort des cellules infectées du poumon" plusieurs semaines après avoir vaincu la maladie, par exemple "en toussant". Ce qui peut aboutir à un résultat positif, alors même que la personne n'est plus porteuse du virus. Ce phénomène avait déjà mis en évidence avec les 260 réinfections supposées de Corée du Sud. "Les tests ont détecté l'ARN du virus mort", avait déclaré a posteriori un médecin pour expliquer ces résultats, rapportait le Korea Herald*.

Une subsistance "à bas bruit" du virus

Autre hypothèse envisagée : celle d'une persistance silencieuse du Sars-CoV-2. Autrement dit, le virus serait toujours présent dans plusieurs endroits de l'organisme – des réservoirs – sans être détecté et pourrait être "réactivé", par exemple en raison d'une maladie annexe. Plusieurs maladies infectieuses peuvent entraîner ce phénomène : dans le cas d'Ebola, le virus peut se loger – après guérison – dans les testicules, l'intérieur de l'œil, le système nerveux central ou encore dans le placenta des femmes enceintes, selon l'OMS"C'est un peu comme lorsque vous passez l'aspirateur dans votre salon mais que certains recoins sont inaccessibles. Vous avez enlevé la poussière partout, sauf dans ces coins où l'aspirateur ne peut pas aller. Le système immunitaire c'est pareil", exposait en 2015 le virologue Sylvain Baize, interrogé par Sciences et Avenir à propos d'Ebola.

Ce phénomène existe pour beaucoup de bactéries ou de virus, comme pour le chikungunya, l'herpès ou la varicelle qui peut revenir plus tard sous la forme d'un zona.Antoine Flahaultà franceinfo

Cependant, aucune étude ne prouve aujourd'hui que le coronavirus peut persister dans l'organisme, rappellent Anne Goffard et Antoine Flahault.

La faute à des mutations du Sars-CoV-2 ?

Pour expliquer ces réinfections, une autre piste pourrait être explorée, celle des multiples versions du virus. Selon une étude germano-britannique* soumise en mars, il existerait trois grandes variantes du nouveau coronavirus. L'équipe chinoise de la Zhejiang University School of Medicine* (PDF) en a quant à elle identifié "33 mutations" du Sars-CoV-2 au mois d'avril. En août, le Vietnam affirmait de son côté avoir identifié une nouvelle variante du virus, "plus virulente", et qui aurait causé une recrudescence des cas – sans toutefois fournir de preuves qui permettent d'étayer cette hypothèse, rapporte la BBC*.

Serait-il possible d'être infecté pour chaque variante du virus ? "Probablement pas", suggère la virologue Anne Goffard. "Des mutations sont apparues sur la protéine S du virus. Mais le reste est relativement conservé", indique la virologue du CHU de Lille, qui souligne que ces mutations ne contrecarrent pas l'action des anticorps : a priori, il n'y aurait donc pas de quoi s'inquiéter de ces variantes vis-à-vis de possibles réinfections au virus. 

"Ce sont des mutations très mineures qui ne concernent que des morceaux d'ARN [le génome du virus] très peu signifiants", analyse lui aussi Antoine Flahault. "A aucun moment on a repéré de différence avérée de transmissibilité ou de virulence du virus avec les mutations qu'on a observées." Pour le médecin épidémiologiste, un indice de la relative similitude entre les versions du virus se trouve dans les tests eux-mêmes puisqu'il n'existe pas de tests sérologiques ou virologiques différenciés pour les identifier : il n'y aurait donc "pas de mutation substantielle du virus".

Aucune preuve de réinfection avérée

Aujourd'hui, il n'existe pas de cas authentiques de réinfection. Mais pour Antoine Flahault, la piste de la réinfection ne doit pas être écartée. "Les réinfections sont possibles même pour les virus qui confèrent une immunité connue" dans le cas d'un déficit immunitaire, observe-t-il. "Des médicaments ou des maladies comme la mononucléose peuvent faire diminuer l'immunité d'une personne" de manière transitoire, et parfois "de manière permanente" comme chez les personnes atteintes du sida, explique le chercheur qui mentionne des cas de réinfection à "la varicelle" chez des personnes immunodéficientes*. 

Une autre hypothèse serait que l'immunité développée après la mise en contact avec le virus ne soit que locale, au niveau des muqueuses nasales, par exemple. Ce qui pourrait expliquer par la suite une réinfection. "Il est possible que pour des formes très peu symptomatiques ou asymptomatiques, des patients n'aient développé qu'une immunité locale de muqueuse mais pas une immunité humorale ou cellulaire", comme cela arrive fréquemment "lors d'un rhume", explique Antoine Flahault. "Si c'est le cas, alors peut-être que ces personnes pourraient être à risque pour une seconde infection", suggère l'épidémiologiste. 

Enfin, si cela ne présume en rien des caractéristiques propres au Sars-CoV-2, une étude néerlandaise récente en lien avec la pandémie actuelle a démontré la possibilité de réinfections aux quatre coronavirus humains saisonniers, des virus qui provoquent rhumes ou bronchites. Et fréquemment, ces réinfections ont lieu un an après l'infection, indique la prépublication. Néanmoins, Anne Goffard et Antoine Flahault restent prudents face à ces réinfections supposées.

Il faut accepter l'idée qu'on est en train d'apprendre et que la connaissance se fait en marchant.Anne Goffardà franceinfo

Preuve en est avec cette prépublication britannique* qui affirme que 65 jours après l'apparition des symptômes du Covid-19, seuls 16,7% des patients étudiés possédaient des anticorps neutralisants contre le coronavirus. "Nos tests ne permettent pas de détecter tous les anticorps neutralisants", indique Anne Goffard. "Mon intuition, mon impression, c'est qu'on en connaît moins sur l'immunité qu'on veut bien le croire, renchérit quant à lui Antoine Flahault. Je pense qu'il y a des personnes qui n'ont pas d'anticorps décelables et qui sont protégées."  

Signe encourageant qui contrecarrerait l'hypothèse des réinfections avérées : une étude* (article payant) menée par des chercheurs de Pékin (Chine) sur des macaques rhésus montre que l'exposition au Sars-CoV-2 les protège de toute réinfection ultérieure à la même souche virale. En outre, Antoine Flahault souligne qu'"il n'y a pas de proportion importante de cas de réinfection dans les zones où le virus" a déjà sévi : pas de quoi s'inquiéter pour l'instant face à "des rapports anecdotiques de cas pas toujours très convaincants", estime le médecin épidémiologiste. Mais "le sujet reste à approfondir", concède-t-il.

* Les liens signalés par un astérisque renvoient vers des articles en anglais.

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